Im Mai 1939 lebten noch 263 Juden türkischer Staatsangehörigkeit in Deutschland, 101 von ihnen in Berlin. Manche konnten Deutschland rechtzeitig verlassen, so die junge Familie Eskenazi. Albert Eskenazi, seine Ehefrau Gertrud und ihr zwei Monate alter Sohn Nissin finden sich auf der Passagierliste der MS. St. Louis. Das Linienschiff verließ am 13. Mai 1939 mit 906 jüdischen Flüchtlingen an Bord Hamburg in Richtung USA. Dort jedoch wurde der MS. St. Louis die Anlegeerlaubnis verweigert, und das Schiff musste im Juni 1939 mit allen 906 Flüchtlingen nach Europa zurückkehren. In Antwerpen konnten die Passagiere das Schiff verlassen. Die Mehrheit von ihnen geriet 1940 mit der deutschen Besetzung Belgiens, der Niederlande und Frankreich in den nationalsozialistischen Herrschaftsbereich. Nur etwa die Hälfte von ihnen überlebte die Shoa. Von der Familie Eskenazi überlebten Albert und sein kleiner Sohn Nissin. Auch Familienangehörige des in Berlin lebenden türkischen Staatsbürgers Sabetai Savariego verließen Deutschland nach 1933. Ihre Zielorte waren die Türkei, New York, Rio de Janeiro, Palästina oder Tanger in Marokko. Sabetai Savariego und seine Ehefrau Sol, geb. Cohn, die wie er in Konstantinopel geboren waren, gelang die Flucht aus Deutschland nicht mehr. Sie wurden 1942 in das Ghetto Riga deportiert und dort ermordet. Zuvor hatten sie ihre türkische Staatsbürgerschaft verloren und waren als Staatenlose registriert. Ein Grossteil der im Ausland lebenden türkischen Juden wurde von der türkischen Regierung
ausgebürgert und galt als staatenlos, was für die meisten von ihnen das sichere Todesurteil bedeutete. Diese Ausbürgerungspolitik war jedoch ursprünglich nicht im Zusammenhang zur nationalsozialistischen Politik angelegt, auch waren von den Ausbürgerungen nicht nur jüdische Türken betroffen. Die Stärkung des türkischen Nationalismus sollte auch der 1923 ausgerufenen türkischen Republik die notwendige Stärke im Innern des Landes verleihen. Vereinzelt kam es zu Protesten des türkischen Botschafters in Berlin gegen die Verletzung der Rechte türkisch jüdischer Staatsbürger in Deutschland. Im Herbst 1942 forderte das Deutsche Reich die neutralen und mit Deutschland verbündeten Staaten auf, ihre jüdischen Staatsangehörigen aus dem deutschen Machtbereich zu repatriieren, andernfalls würden sie in die „allgemeinen Judenmassnahmen einbezogen“ werden. Im Falle der Türkei wurde die Frist bis zum 10. Oktober 1943 mehrfach verlängert. Das Schicksal vieler türkischer Juden während der Nazizeit bleibt unbekannt. Sicher ist, dass über 100 Mitglieder des Israelitisch-ephardischen Vereins zu Berlin von dem nationalsozialistischen Regime ermordet wurden.